На системе Blue Gene/P, установленной на факультете ВМК МГУ, используется высокопроизводительная параллельная файловая система IBM General Parallel File System.
Вычислительные узлы Blue Gene/P (точнее, его узлы ввода-вывода), имеют доступ к любым файлам, расположенным в домашнем каталоге пользователя.